自主创新是提高深圳经济质量的基础，是建设国际化城市的必然要求，也是关系到保税区经济的长远发展，推动园区经济增长方式根本转变的战略举措。未来几年，深圳保税区将围绕“以市场为导向，以质量为中心，以效益为目标，依靠科学技术，调整优化经济结构”的目标，把自主创新战略提升为保税区未来发展的主导战略，通过转变发展模式，加强科技的自主创新，突破环境及土地、能源等自然资源的“紧约束”。力争到“十一五”末，全面建成自主创新体系完善、创新能力强、重点产业技术领先、经济效益和社会效益突出的可持续发展的经济体系。其具体目标是，产业结构优化和提高自主创新能力取得阶段性成果，高新技术制造业增加值比重占全区增加值比重达到30%；国际保税物流业增加值占全区增加值比重达到35%；高新技术研发、软件、设计以及国际贸易、国际金融、商品展销等产业增加值占全区增加值比重达到25%，其他产业增加值占全区增加值比重为10%。为实现上述目标，深圳保税区将采取四项措施：
充分发挥保税区特有的自主创新优势，把发展高新技术作为推进自主创新的重中之重。深圳保税区经过10多年的快速发展，形成了独特的环境优势、国际国内的市场优势、高新技术的群体优势、技术创新的机制优势、产业链条相对完备的产业优势、善于创新的文化优势、改革开放试验田的功能优势。为此，今后几年，深圳保税区将重点培育三大链条：一是高新技术产业链，培育和引进自主创新能力强的研发中心，并建立以研发为中心的上下游产业链；二是培育高新技术制造业链，建立起以制造业为基石的上下游配套完整的产业链；三是培育现代物流产业链，建立起以第三方和第四方物流为重点，上下游配套完整的产业链，为创新科技企业，尤其是自主创新高科技企业提供高端的个性化物流服务。
把构筑六大创新服务平台作为推进自主创新的重要任务。一是以支撑自主创新体系的研发中心、实验室为核心组成的“研发平台”。二是以高新技术，尤其是自主创新技术武装传统产业为重点的“技术平台”。三是以提供科技信息服务为主的“信息平台”。四是以提供对技术与产品进行检测服务为主的“检测平台”。五是以促进高新技术，特别是自主创新技术产权交易、风险投资为目的的“产权交易平台”。六是向高新技术企业，尤其是自主创新企业提供高效、便捷、全天候个性化服务的“个性化服务平台”。
把发挥人才作用作为推进自主创新的关键措施。通过招聘会等方式在美国、日本、英国、澳洲等留学生较为密集的国家，鼓励留学人员，特别是高端科技人员来保税区创业。引进海外优秀人才、高级专业技术人才进入管理局机关、服务中心，参与政府公共管理与服务。在人才培养和人才使用方面，以重点产业、科研基地、重大科研和工程项目为依托，培养一批科技领军人物、科技骨干和创新人才团队，造就一支门类齐全、梯次合理、素质优良、规模宏大的科技创新人才队伍。要大力支持创新，鼓励竞争，努力营造人尽其才、人才辈出的创新环境。
把营造推动自主创新、建设“效益保税区”的良好氛围作为推进自主创新的重要任务。加大保护知识产权的工作力度，努力将保税区建设成为知识产权强区。全力打造自主创新综合服务环境，使保税区成为最便于自主创新的经济园区。同时，指导和鼓励企业不断完善现代企业制度，建立健全自主创新体系和机制，围绕国家和保税区的产业政策制定自主创新战略，加大自主创新投入，开展自主创新合作，不断提高自主创新能力，提高经济增长的质量和效益，走新型工业化道路。加大对企业技术中心创新能力建设、重点产学研合作项目和引进、消化、吸收国外先进技术的支持力度，鼓励社会中介组织和个人积极参与自主创新工作。
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